Podemos decir que es el tercer pilar sobre el que gira la organización del evento, puesto que se encarga de forma directa de las relaciones con los ponentes, de la confección del programa, ya sea cultural, científico o profesional y de la mayor parte de las tareas que tengan que ver con el “contenido” del congreso.
Uno de los cometidos esenciales de la secretaría científica es el de controlar por la calidad y conveniencia científica de los trabajos presentados y las actividades científicas a desarrollar durante la celebración. Esta Secretaría cuenta con la ayuda y apoyo del Comité Organizador.
También se puede encargar de elaborar y proponer programas de actuación conjunta de diversos sectores o grupos de ponentes que acuden al congreso, así como de realizar estudios y/o informes sobre las ponencias presentadas, actividad de los ponentes, etc.